Scopoli trascorse molto tempo a studiare la natura locale, pubblicando nel 1760 la Flora Carniolica e un'importante opera di entomologia (insetti).
Descrisse, minuziosamente, le caratteristiche di 187 specie di funghi, dividendole in 11 Generi.
L'alcaloide Scopolamina (farmaco allucinogeno ottenuto da piante della famiglia Solenaceae)venne così chiamato in suo onore.
Il nome di Scopoli è legato anche ad una clamorosa beffa di cui fu vittima. Al naturalista fu portato un vaso che conteneva, sotto spirito, ciò che gli fu presentato come un verme intestinale. Scopoli lo esaminò e, non trovando nulla di simile tra i vermi conosciuti, gli diede un nome scientifico (Physis intestinalis) e lo descrisse, facendone fare anche un'illustrazione, in un suo libro. Purtroppo per lui, si trattava di una truffa e il presunto nuovo verme era in realtà la trachea e l'esofago di una gallina! Lazzaro Spallanzani (biologo), che era in pessimi rapporti con Scopoli, scrivendo sotto lo pseudonimo di Francesco Lombardini un libro in cui attaccava il rivale, non mancò di sottolineare questo abbaglio.